Le mense scolastiche gestite direttamente dagli enti locali o affidate in appalto a soggetti terzi sono a tutti gli effetti operatori del settore alimentare (OSA) ai sensi del Reg. CE 852/2004 e sono soggetti agli stessi obblighi HACCP applicabili a qualsiasi esercizio di ristorazione collettiva.
Il manuale di autocontrollo HACCP deve essere redatto in forma scritta, aggiornato ogni volta che intervengono modifiche significative nei processi (cambio menu stagionale, variazioni del processo produttivo, nuove tipologie di allergeni), e deve coprire tutte le fasi dalla ricezione delle materie prime alla distribuzione dei pasti agli alunni. L'analisi dei rischi e la definizione dei CCP (Critical Control Points) devono essere specificamente adattate al contesto scolastico, dove la vulnerabilità della fascia di età dei destinatari impone standard di controllo particolarmente rigorosi.
La gestione degli allergeni rappresenta un punto critico: le mense scolastiche devono disporre di procedure per la gestione dei pasti speciali destinati ad alunni con allergie o intolleranze certificate, con percorsi di preparazione separati, etichettatura interna e comunicazione strutturata con le famiglie. Il personale di cucina deve ricevere formazione specifica sulla gestione degli allergeni, non limitata alla formazione generale prevista dal D.Lgs. 193/2007.
La formazione del personale addetto alla manipolazione degli alimenti deve essere documentata e aggiornata periodicamente. In molte Regioni è prevista l'attestazione specifica per gli alimentaristi come requisito per l'assunzione in servizio nelle mense pubbliche.
I rapporti con il Servizio di Igiene degli Alimenti e della Nutrizione (SIAN) delle ASL locali devono essere improntati alla collaborazione: le visite ispettive periodiche sono occasione per verificare l'adeguatezza del manuale e delle procedure, con possibilità di prescrizioni correttive e, nei casi gravi, di sospensione del servizio.